Основным направлением работы Московского государственного медико-стоматологического университета имени А.И. Евдокимова была и остается подготовка квалифицированных врачебных специалистов. В структуру клиник МГМСУ входят: Клинико-диагностический центр МГМСУ, Центр стоматологии и челюстно-лицевой хирургии, Стоматологическая поликлиника ФПДО и Отделение профилактики стоматологических заболеваний Стоматологической поликлиники ФПДО.